Els orígens del monestir de Sant Pere de Rodes es perden en el temps i en les llegendes. Hi ha constància arqueològica de l’existència d’un gran edifici antic del segle VI, la funció del qual encara es desconeix. Al final del segle IX, les primeres notícies documentals sobre el monestir l’esmenten com una petita cel•la monàstica que es disputaven dues abadies: Sant Esteve de Banyoles i Sant Policarp de Rasés.
L’inici de l’esplendor del monestir se situa a partir del segle X, quan un noble anomenat Tasi i el comte Gausfred d’Empúries s’interessaren per Sant Pere de Rodes. El monestir rebé grans donacions de terres per part seva i aconseguí preceptes i privilegis dels papes i dels reis francs, com el que el 944 el convertí en abadia. Entre els segles X i XI es construí l’església que avui podem contemplar i també s’inicià la importància del monestir com a centre de pelegrinatge.
La consolidació del poder i el prestigi de l’abadia de Rodes se situa entre els segles XII i XIII. En aquests moments era un dels centres de poder espiritual, polític i econòmic més importants, capaç d’ampliar considerablement les seves dependències i de fer obres de gran valor artístic com la portalada del mestre Cabestany. Els primers indicis de decadència els trobem a partir del segle XIV, generats per diverses causes, entre les quals una sèrie de conflictes bèl•lics i epidèmies que van afectar directament l’Empordà i, a més, es tracta d’una època en què el sistema feudal –i també l’orde benedictina-, comencen a entrar en crisi. Els problemes s’agreugen durant els segles XV i XVI, les guerres continuaren afectant directament el monestir i les seves propietats, s’incrementaren el atacs de pirates i bandolers i s’encetà una etapa de relaxament de la vida religiosa.
Un moment de recuperació econòmica se situa entre els segles XVII i XVIII, gràcies a l’expansió del cultiu de la vinya que es visqué a Catalunya. Aquest fet es reflecteix avui en la gran extensió de terrasses de pedra seca existents a les muntanyes del Cap de Creus i també en els grans edificis que es construïren en aquest moment al voltant del cos claustral.
Tot i això, l’abadia continuà patint atacs i saqueigs per part de tropes franceses i bandolers. Per això el 1798 els monjos van decidir abandonar definitivament el monestir i instal•lar-se a Vilasacra. El 1818 es van traslladar de nou, aquest cop a Figueres. Poc temps després es produí la definitiva extinció de la comunitat de monjos benedictins de Sant Pere de Rodes, amb la desamortització de 1835.
El monestir de la muntanya de Rodes, un cop abandonat, va patir a llarg del segle XIX i part del XX un procés d’enrunament progressiu i una etapa d’intensa espoliació. A partir de la declaració com a Monument Historicoartístic Nacional, el 1930, s’iniciaren les primeres obres de restauració de l’edifici, que s’anaren succeint esporàdicament al llarg del segle XX. Durant el període 1989-1999, s’hi va dur a terme un ambiciós programa d’excavacions arqueològiques i restauracions. A partir de llavors, el monestir de Sant Pere de Rodes s’ha convertit en un dels monuments més visitats del nostre país.